Если есть возможность включите сумму командировочных расходов в общую сумму договора - так будет проще всего. Если заказчик настаивает на оплате по факту то оговорите с ним схему фиксации рабочих дней на объекте.
Для того что бы отправить работников в командировку нужно перво-наперво подготовить соответствующий приказ по организации, ознакомить с ним работников под подпись, выдать им командировочные удостоверения с отметкой "убыл", по прибытии на объект ставится отметка "прибыл" уполномоченным представителем принимающей стороны (у нас часто ставит подпись прораб объекта а печатью заверяют в ок или канцелярии). Затем по окончании работ таким же макаром принимающая сторона делает отметку "убыл". К командировочному удостоверению прилагаются по необходимости подтверждающие квитки - о съёме жилья, проездные документы и т.д. По прибытию в родную организацию ставиться отметка "прибыл" и составляется авансовый отчёт каждым работником. Данные авансовых отчётов включаются в форму КС-3 для оплаты заказчиком. Как то так.